Στο Εγχειρίδιο Ποιότητας αποτυπώνεται η πολιτική ποιότητας του Ιδρύματος, η οποία αποτελεί δέσμευση και διακήρυξη της Διοίκησης και περιλαμβάνει τους στόχους ποιότητας και τα μέσα υλοποίησής τους, την οργάνωση και την επί μέρους πολιτική για κάθε δραστηριότητα που καλύπτει το ΕΣΔΠ. Στο Εγχειρίδιο Ποιότητας καταγράφονται τα βασικά κριτήρια ελέγχου ποιότητας του ΕΣΔΠ του Ιδρύματος. Το Εγχειρίδιο Ποιότητας του ΕΣΔΠ,  συντάσσεται και αναθεωρείται από τη ΜΟΔΙΠ όποτε κρίνεται αναγκαίο – σε κάθε περίπτωση το αργότερο κάθε έξι έτη – και εγκρίνεται από τη Σύγκλητο.

Πιο συγκεκριμένα, στο εγχειρίδιο ποιότητας του ΕΣΔΠ καθορίζονται και περιγράφονται με σαφήνεια:

(α) Οι στόχοι για τη διασφάλιση και τη συνεχή βελτίωση της ποιότητας του εκπαιδευτικού και ερευνητικού έργου, των υποστηρικτικών υπηρεσιών και των δομών του Ιδρύματος.

(β) Η διαδικασία σχεδιασμού πολιτικής, η οργάνωση, καθώς επίσης η διαδικασία λήψης αποφάσεων και εφαρμογής της πολιτικής για τη συνεχή βελτίωση της ποιότητας.

(γ) Η διαδικασία και ο τρόπος αξιολόγησης των επιδόσεων, δεδομένων ή αποτελεσμάτων από την εφαρμογή του ΕΣΔΠ.

Στο Εγχειρίδιο Ποιότητας περιλαμβάνονται μια σειρά εντύπων τεκμηρίωσης και ροής πληροφοριών καθώς και οι προϋποθέσεις για την τήρηση έντυπου και ηλεκτρονικού αρχείου.